Asal mula desa bener dihimpun berdasarkan penuturan atau dongeng dari pini sepuh desa bener yang sekarang masih hidup dan merupakan legenda turun temurun.

Pada zaman dahulu datanglah serombongan petani berasal dari daerah Caruban. Mereka meninggalkan daerah asalnya karena tindakan pengganggu keamanan ditambah dengan adanya kekejaman dan keganasan bangsa Jepang.

Rombongan ini dipimpin oleh seorang bernama Kartodipuro yang menemukan daerah cukup strategis untuk berlindung, daerah yang sedikit agak berbukit, ada aliran sungai yang diperlukan, serta banyak cadangan makanan yaitu tanaman kelapa (buah kelapa) sebagai cadangan pangan. Sebelum mereka dapat memanen hasil pertaniannya dengan menempati daerah pertanian mereka sangat tekun bekerja sehingga memperoleh hasil yang memuaskan.

Karena hasil kelapa yang melimpah ada beberapa penduduk yang membawanya ke Caruban untuk ditukarkan dengan barang maupun kebutuhan hidup (barter) karena Caruban merupakan pusat perdagangan pada waktu itu. Sudah banyak pendatang yang menetap di Caruban karena itu penduduk desa yang ke Caruban untuk barter setiap kali ke Caruban mendengar kata “beginner”. Karena perjalanan dapat ditempuh hanya dengan berjalan kaki makin banyak orang yang mendengarkan makin banyak pula yang menceritakan kepada orang-orang yang baru berjualan maupun barter menjadi salah kaprah yang seharusnya berarti “pemula” atau “orang baru” karena saking seringnya bergantian ke pasar akhirnya menjadi “bener-bener” dan selanjutnya menjadi Desa Bener Kecamatan Saradan Kabupaten Madiun. Sampai sekarang dalam perkembangan Desa Bener terbagi menjadi 5 wilayah Dusun yaitu Dusun Bener, Dusun Kedungdang, Dusun Borok, Dusun Bontomulyo, dan Dusun Siwalan.